Shintoismus war zur Zeit Kimmeis Staatsreligion, verschwand später für fast 1000 Jahre fast vollständig und wurde 1868 wieder zur Staatsreligion erhoben.
Die Wurzeln des ShintÅs liegen wohl in lokalen, indigenen religiösen Traditionen, die in vorgeschichtlicher Zeit noch unterschiedlicher gewesen sein dürften, als dies heute noch der Fall ist. Die ältesten Mythen Japans, die als wichtigste Quelle des Shinto gelten, legen nahe, dass sich die religiösen Riten sowohl auf ehrfurcht-gebietende Naturerscheinungen (Berge, Felsen oder Bäume) als auch auf Nahrungsgottheiten bezogen, die für die damals vorwiegend agrarisch geprägte Gesellschaft von Bedeutung waren. Schon in vor-buddhistischer Zeit wurde in Japan eine Unzahl einheimischer Gottheiten verehrt. Wie die ganze altjapanische Kultur war diese Religion wahrscheinlich mit den schamanistischen Kulten des sibirisch-mongolischen Festlandes verwandt. Auch sind bereits koreanische und chinesische Einflüsse zu vermuten. Dennoch bleiben viele Fragen wegen der mangelnden Quellen offen. Diese Frühformen der einheimischen Religion verfügten aber weder über ein einheitliches Glaubenssystem noch über einen allgemeinen Namen.
Im 5. und 6. Jahrhundert entstand mit der Übernahme vieler Aspekte chinesischen Staatswesens und chinesischer Kultur ein höfischer Kult, der einheimische religiöse Traditionen, insbesondere diejenigen, die mit den einflussreichen Klans zu tun hatten, mit Ahnenverehrung und Moralvorstellungen des chinesischen Konfuzianismus, dem Buddhismus und der Kosmologie des Daoismus kombinierte. Sowohl im Mythos als auch im Ritus des frühen japanischen Staatswesens sind daher unverkennbar chinesische Traditionen enthalten. Da die ersten schriftlichen Quellen beinahe zwei Jahrhunderte nach starken Einflüssen und aus einer Zeit gravierender Umbrüche stammen, sind sie zur Rekonstruktion „echter“ indigener Religion sehr problematisch.
Der frühe japanische Staat entstand aus Bündnissen einzelner Klans, die jeweils eigene Ujigami (Klangottheiten) verehrten, die sich jedoch in dieser Zeit auch stark wandelten und später oft mit ihren Ahnen gleichgesetzt wurden. Als sich der Klan des Kaisers innerhalb dieses Bündnisses als führende Dynastie durchsetzte, entstand eine Mythologie, die die Geschichten der einzelnen Klangottheiten zu einer einheitlichen mythologischen Erzählung verband. Die ersten schriftlichen Quellen dieser Mythologie stammen aus dem achten Jahrhundert und schildern die Weltentstehung und den Ursprung der Dynastie des Tenno: Ein Urgötterpaar (Izanagi und Izanami) kreiert die japanischen Inseln und alle übrigen Gottheiten. Amaterasu Omikami (Himmelsscheinende große Gottheit) ist die wichtigste ihrer Schöpfungen: Sie beherrscht die „himmlischen Gefilde“ (Takamanohara) und wird mit der Sonne gleichgesetzt. In ihrem Auftrag steigt ihr Enkel zur Erde herab, um hier die ewig andauernde Dynastie des Tenno-Geschlechts zu gründen. Diese mythologische Vorstellung von der Gründung Japans und der Errichtung der kaiserlichen Linie bildet im späteren ShintÅ (der Kokugaku und des Staats-ShintÅ) eine zentrale Idee. Tatsächlich bezeichnet ShintÅ in jener Zeit keine Religion, sondern vielleicht ein daoistisches Handlungsideal.
Der im 6. und 7. Jh. neu eingeführte Buddhismus stieß zwar anfangs im Rahmen der einheimischen Götterverehrung auf Widerstand, fand aber rasch Wege, die kami in sein Weltbild zu integrieren und beeinflusste unter anderem die Bauwerke und später auch die Ikonografie der kami-Verehrung. Während der meisten Epochen der bekannten japanischen Religionsgeschichte herrschte daher zwischen Buddhismus und ShintÅ keine klare Trennung. Vor allem innerhalb der einflussreichen buddhistischen Richtungen Tendai und Shingon wurden ShintÅ-Gottheiten als Inkarnationen oder Manifestationen von Buddhas und Bodhisattvas aufgefasst. Buddha-Verehrung und kami-Verehrung diente somit – zumindest auf theoretischer Ebene – dem gleichen Zweck. Diese theologische Entwicklung begann in der Heian-Zeit und erreichte im japanischen Mittelalter (12.–16. Jh.) ihren Höhepunkt. Sie ist als Theorie von „Urform und herabgelassener Spur“ bekannt, wobei die „Urform“ (honji 本地) den Buddhas, die „herabgelassene Spur“ (suijaku 垂迹) den kami entspricht.
Die meisten ShintÅ-Schreine hatten keine eigenen ShintÅ-Priester, sondern wurden von buddhistischen Mönchen oder von Laien betreut. Nur die ganz großen shintÅistischen Institutionen, allen voran der Ise-Schrein waren in den Händen von erblichen Priester-Dynastien, die ursprünglich dem kaiserlichen Hof, später aber ebenso einem buddhistischen Tempel unterstellt waren. Nur einzelne Abkömmlinge dieser Priester-Dynastien befassten sich mit der Idee, die kami unabhängig vom Buddhismus zu verehren und schufen damit die Grundlagen des modernen ShintÅs.
Im Laufe der Edo-Zeit kam es immer wieder zu anti-buddhistischen Tendenzen, die auch den Ideen einer eigenständigen einheimischen ShintÅ-Religion immer stärkeren Zulauf bescherten. Im 17. Jh. waren es vor allem konfuzianische Gelehrte, die nach Wegen suchten, die Lehren des chinesischen Neo-Konfuzianers Zhu Xi (auch Chu Hsi, 1130–1200) mit der Verehrung einheimischer Gottheiten zu kombinieren und so eine Alternative zum Buddhismus zu entwickeln. Im 18. und 19. Jahrhundert entstand schließlich eine Denkrichtung, die bemüht war, den ShintÅ von allen „fremden“, d. h. indischen und chinesischen Ideen zu reinigen und zu seiner „Urform“ zurückzufinden. Diese Schule heißt auf Japanisch Kokugaku (wörtlich Lehre des Landes) und gilt als Wegbereiterin des Staats-ShintÅ, wie er sich gegen Ende des 19. Jahrhunderts im Zuge der Neuordnung des japanischen Staates herausbildete.
Die Meiji-Restauration 1868 beendete die feudale Herrschaft der Tokugawa-ShÅgune und installierte an ihrer Stelle einen modernen Nationalstaat mit dem TennÅ als oberste Instanz. ShintÅ wurde als nationale Religion definiert und als ideologisches Instrument zur Wiederbelebung der Macht des TennÅ eingesetzt. Zu diesem Zweck wurde eigens ein Gesetz zur „Trennung von kami und Buddhas“ (神ä»åˆ†é›¢, Shinbutsu Bunri) erlassen, das den gemeinsamen Kult von buddhistischen und shintÅistischen Institutionen verbot. Im Gegensatz zu den meist lokal begrenzten Schreintraditionen wurden ShintÅ-Schreine nun landesweit zu Verehrungsstätten des TennÅs umgedeutet und jeder Japaner, ungeachtet seiner religiösen Überzeugung, war angehalten, dem TennÅ in Form von Schreinbesuchen seine Reverenz zu erweisen. Aus Rücksicht auf die unter westlichem Einfluss verfassungsmäßig garantierte Religionsfreiheit wurde dieser Schreinkult aber nicht als religiöser Akt, sondern als patriotische Pflicht definiert.
Im aufkeimenden Militarismus der ShÅwa-Zeit wurde ShintÅ dann weiter für nationalistische und kolonialistische Zwecke instrumentalisiert. Auch in den besetzten Gebieten Chinas und Koreas wurden Schreine errichtet, in denen die lokale Bevölkerung dem TennÅ ihre Reverenz erweisen sollte. Nach der Niederlage Japans im Zweiten Weltkrieg 1945 kam es zu einem offiziellen Verbot des ShintÅ als Staatsreligion, im Jahre 1946 verzichtete der TennÅ auf jeden Anspruch auf Göttlichkeit. Einzelne Institutionen, denen eine politische Nähe zum Staats-ShintÅ nachgesagt wird, etwa der Yasukuni-Schrein in TÅkyÅ, existieren jedoch heute noch.